Som en av de yngsta företrädarna för de s.k. 90-talisterna (1890-talet) invaldes Karlfeldt den 14 juli 1904 i Svenska Akademien och tog sitt tilträde på stol nr 11 den 20 december samma år. Han efterträdde f. riksarkivarien C.T. Odhner. Åren 1904-1912 omgavs hans stol nr 11 av språkforskaren Esaias Tegnér och skalden K. A. Melin.

Så här skrev år 1904 tidningen HVAR 8 DAG med anledning av Karlfeldts inträde i Svenska Akademien:

"Till ledamot i Svenska Akademien i den efter framlidne f. riksarkivarien C.T. Odhner lediga elfte stolen har valts och kallats e. o. amanuensen i k. biblioteket, bibliotekarien i Lantbruksakademien Erik Axel Karlfeldt.Detta inval har genast hälsats med ett bifall, som tyder på att akademiens principer och den allmänna opinionen omsider funnit varandra. Karlfeldt har med sina trenne diktsamlingar icke endast vunnit allas hjärtan utan även areopagens djupa erkännande. Och opinionen, som envisas att företräda vilja finna "snille och smak" hos de stora skalderna, gläder sig åt att se tre små böcker väga så tungt ned, där kanske vetenskapliga verk till en mångdubbelt större volym prövats i den andra vågskålen.

Karlfeldt är icke gammal. Den 20 sistlidne juli kunde han fira sin 40-årsdag. Men hans produktion har allt ifrån det han 1895 först framträdde vittnat om en från början sällsynt mogen och fulländad skaldegåfva. Hvem har icke fägnats i Fridolins lustgård, när Fridolin, den landtlige ungkarlen, tog upp en visa med sin på samma gång kärnfullt manliga och varmt vibrerande stämma? Hvem har icke hört hans stolta maning.

Lägg tungt och fast din hand på bordet
Och som ett lejon kungligt ryt!

ljuda för öronen? Hvem har icke med välbehag insupit den oförlikneliga doften från hans vildmarks- och kärleksvisor? Hvem har icke med ett barns leende setat och stortittat, medan dalkarlen muntert hvisslande trollade fram underbara målningar med de blygsammaste redskap? Mycket hafva vi den hedervärde Fridolin att tacka för. Och må han tolka den officiella hyllning, som nu kommit honom till del, som ärligt menad ifrån allesamman."

Karlfeldt var ledamot av Svenska Akademiens Nobelkommitté år 1907-1931. Nobelkommittén, som består av 4–5 akademiledamöter väljs för tre år i taget. Kommitténs uppgift är att förbereda diskussionerna om nobelpristagare i litteratur i Akademien genom att registrera, sammanställa och presentera inkomna förslag, ombesörja utredningar av olika slag och slutligen att avge rekommendationer till Akademien inför prisbeslutet.

Den 14 november 1912 utsågs Karlfeldt till Svenska Akademiens ständige sekreterare. Karlfeldt tillträdde posten den 1 januari 1913 och kvarstod till sin död 8 april 1931.

Citerat ur Svenska Akademiens historia:
"Wirsén efterträddes av Erik Axel Karlfeldt, vars sekreterartid (1913-31) innebar en uppryckning och modernisering. Akademien öppnades för den nya tidens författare, och den första kvinnliga ledamoten invaldes." (Den första kvinnliga ledamoten var Selma Lagerlöf.)

Där du skrider, min kusin,
blank och fin,
hög i min,
som i suset av blågula fanor,
syns du mig på alla sätt
värdig av din gamla ätt,
dina lysande kyrkovärdsanor.
Håll dig rak,
gör din sak,
sakta mak,
trampa värdigt på mattlagda tiljor

Ur Till en sekreterare från diktsamlingen Flora och Bellona